Hola !
No creo que los anticuerpos influyan, si tenes las hormonas controladas, me imagino que los niveles de T3, T4 y TSH lo tienes nivelados ya que tomas medicacion no deberia de influirte los anticuerpos.
Una vez que hay anticuerpos, pues nada siguen ahi siempre y no puede hacerse nada, a veces suben y otras bajan... pero como te dije si estan tus hormonas controladas no tendrias que tener problema.
Igualmente consultalo con tu endocrina.
Espero tengas suerte y dentro de poquito seas mama... !!! un beso !