Mi novia tiene vaginosis bacteriana

Exacto, tiene que ir al ginecólogo
Todas las mujeres que tienen vida sexual activa deben hacerse revisiones ginecológicas, y más si tienen algún problema. Deberías hablar con tu novia del tema, el tener vergüenza no puede ser una excusa para no ir al médico cuando es necesario. Ofrécete a acompañarla si eso le hace sentir mejor, no sé, piensa alguna forma de convencerla.

La cuestión es que ella es virgen
si eso lo se, pero la cuestión es que ella es virgen(me consta) yo le he dicho mucho que vaya al ginecólogo ( aun antes de enterarme del problema), pero no me quiere hacer caso, y para mi el aseo en especial en esa zona es muy importante y no le quisiera terminar por esa cuestión, la verdad no se que mas hacer.

Da igual que sea virgen
Si tiene un problema ginecológico, eso es motivo suficiente para consultar con un médico, da igual si habéis tenido relaciones o no.
Pero no te confundas, las alteraciones de la flora vaginal (como las que dan lugar a la vaginosis bacteriana) no tienen nada que ver con una falta de higiene, de hecho una de sus causas puede ser una higiene excesiva.