Hongos y e.coli

hola a todas!

El caso es que el ginecólogo me ha detectado Candidas y E.colli. Me ha mandado amoxicilina 4 dias para la E.coli y para los hongos una pastilla de Fluconazol y una crema. Pues bien estoy a un par de dias de tener la regla, le he comentado al medico y me ha dicho que me tome el antibiotico y el fluconazol y que cuando termine la regla me ponga la crema (que guay me pilla en mi semana de vacaciones ).
El caso es que, le he preguntado al medico por el antibiotico, pues tengo entendido que muchas veces la amoxicilina produce candidiasis. Mi pregunta es, no será mejor tomarme el antibiotico y cuando lo acabe me tome el fluconazol + la crema para atacar bien los hongos? es que si me tomo la pastilla a la vez del antibiotico a lo mejor no hace el efecto deseado (por lo de que los antibioticos produce candidas a veces)
No se que hacer, os habeis encontrado en este caso?
Por otro lado, por mi cuenta, me gustaria tomar probioticos en pastillas para recuperar la flora porque si ya la tengo mal ahora la dejare peor con antibioticos. Conoceis algunas pastillas (si puede ser que no sean vaginales) que me las pueda tomar a la vez que el antibiotico?
Saludos!

PD: he de decir que al medico que ido no es mi gine de siempre , por eso la desconfianza...

Gracias de antemano